股東投資協(xié)議即通常所稱的公司設(shè)立協(xié)議，是公司股東為成立公司而簽訂的協(xié)議書，這是在公司設(shè)立過程中，由出資人為明確各方之間的權(quán)利義務(wù)而簽署的合同。公司章程是公司的組織以及運(yùn)行規(guī)范。我國(guó)《公司法》第十一條規(guī)定：“設(shè)立公司必須依法制定公司章程。公司章程對(duì)公司、股東、董事、監(jiān)事、高級(jí)管理人員具有約束力。”因此，公司章程是公司的必備文件，并常常被認(rèn)為是公司的根本法或“公司憲法”。

公司設(shè)立協(xié)議與公司章程都是為了設(shè)立公司，在內(nèi)容上兩者都有關(guān)于公司名稱、注冊(cè)資本、經(jīng)營(yíng)范圍、股東出資與比例、出資形式等等的約定。但是，兩者在法律性質(zhì)和功能上，還是有著巨大的差別：

首先，公司章程是我國(guó)公司法強(qiáng)制要求的公司必備文件。沒有公司章程，公司就不能成立。而除了外商投資企業(yè)要求有合同以及股份有限公司要求有發(fā)起人協(xié)議外，我國(guó)《公司法》并沒有要求公司必須具有設(shè)立協(xié)議。所以，對(duì)中小企業(yè)最常見的形態(tài)即普通的有限責(zé)任公司而言，公司設(shè)立協(xié)議是任意性文件，可有可無。

但在現(xiàn)實(shí)生活中，投資者之間往往會(huì)先就成立公司事項(xiàng)簽訂一份公司設(shè)立協(xié)議。這是由于公司設(shè)立過程的不確定性所產(chǎn)生的。這種現(xiàn)實(shí)狀況的存在，導(dǎo)致了投資者往往將公司設(shè)立協(xié)議視為成立公司最重要的事項(xiàng)，認(rèn)為簽好設(shè)立協(xié)議就萬事大吉，剩下的只是手續(xù)問題了，但是這是一個(gè)極大的誤區(qū)。

其次，兩者的約束范圍不同。根據(jù)《公司法》的規(guī)定，公司章程對(duì)公司、股東、董事、監(jiān)事、高級(jí)管理人員均具有約束力。即公司章程的作用范圍包括股東、公司以及公司內(nèi)部組織機(jī)構(gòu)與人員。而公司設(shè)立協(xié)議僅僅是股東之間的任意性合同，需遵守合同相對(duì)性的原則，其作用范圍僅限于簽約的主體之間。

第三，兩者生效時(shí)間不同。公司設(shè)立協(xié)議主要是在公司設(shè)立期間發(fā)生法律效力，所調(diào)整的是公司設(shè)立過程中的法律關(guān)系與法律行為。所以，一般認(rèn)為公司設(shè)立協(xié)議的效力期間是從設(shè)立行為開始到公司成立為止。而公司章程則自公司設(shè)立開始直至公司成立后的整個(gè)存續(xù)過程，直至公司解散并清算終止時(shí)。

第四，兩者的效力不同。公司設(shè)立協(xié)議是內(nèi)部協(xié)議，除參與簽約的股東之外，甚至公司董事等高級(jí)管理人員均可能不知其內(nèi)容。而公司章程是公開文件，我國(guó)《公司法》第97條、98條還特別規(guī)定，公司公開發(fā)行股票或公司債券必須公開披露公司章程。公司章程的公開性，是為了有助于公司投資者、債權(quán)人以及交易對(duì)象可以了解公司的組織與運(yùn)行，并據(jù)此做出判斷。所以，對(duì)社會(huì)公眾而言，章程的效力高于公司設(shè)立協(xié)議。

在司法實(shí)踐中，當(dāng)事人在公司設(shè)立之后，再以公司設(shè)立協(xié)議為依據(jù)而提出民事訴訟，要求追究股東出資義務(wù)、請(qǐng)求確認(rèn)設(shè)立協(xié)議無效而解散公司等等，法院一般都不予以支持。