在破產清償程序中，員工保護自身權益的關鍵在于了解自身權益、積極參與破產程序，并適時采取法律手段。以下是一些具體的步驟和建議：

　　一、了解自身權益

　　根據《中華人民共和國企業破產法》和《中華人民共和國勞動合同法》等相關法律法規，員工在工廠破產后享有以下主要權益：

　　優先受償權：破產財產在優先清償破產費用和共益債務后，首先清償的是破產人所欠職工的工資和醫療、傷殘補助、撫恤費用，以及應當劃入職工個人賬戶的基本養老保險、基本醫療保險費用等。這意味著員工的工資和福利具有優先受償權。

　　經濟補償權：用人單位被依法宣告破產的，勞動合同終止，用人單位應當向勞動者支付經濟補償。經濟補償按勞動者在本單位工作的年限，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付。六個月以上不滿一年的，按一年計算;不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經濟補償。

　　二、積極參與破產程序

　　關注破產公告：企業進入破產程序后，法院會發布破產公告，明確債權申報期限和債權人會議召開時間等關鍵信息。員工應密切關注這些公告，以便及時參與破產程序。

　　無需主動申報債權：值得注意的是，員工的工資、福利等勞動債權在破產清償程序中無需員工主動申報。這些債權將由破產管理人調查后列出清單并予以公示。員工只需對清單內容保持關注，如有異議可及時提出。

　　參加債權人會議：債權人會議是破產程序中債權人表達意見、參與決策的重要平臺。員工應積極參加債權人會議，了解破產進展，表達自己的訴求和意見。如果債權人會議上成立了債權人委員會，委員會里應有一名員工代表，參與破產財產分配的監督。

　　三、適時采取法律手段

　　對清單記載內容提出異議：如果員工對破產管理人列出的債權清單有異議，可以要求管理人更正。管理人不予更正的，員工可以向人民法院提起訴訟。

　　申請勞動仲裁或提起訴訟：對于因企業破產引發的勞動爭議，如經濟補償金的計算標準、拖欠工資的具體數額等，員工可以向當地勞動爭議仲裁委員會申請勞動仲裁。對勞動仲裁裁決不服的，還可以向人民法院提起訴訟。

　　尋求法律援助：如果員工在維護自身權益過程中遇到困難或需要專業法律支持，可以向當地法律援助機構或律師協會尋求幫助。法律援助機構或律師可以為員工提供法律咨詢、代理訴訟等服務。

　　四、保持冷靜理性

　　面對企業破產的困境，員工應保持冷靜理性的態度，通過合法途徑維護自身權益。避免采取過激行動或散布不實言論等行為，以免損害自身形象和利益。同時，員工也應關注個人職業發展，積極尋找新的就業機會或提升自身技能水平以增加就業競爭力。

　　綜上所述，員工在破產清償程序中保護自身權益需要充分了解自身權益、積極參與破產程序、適時采取法律手段，并保持冷靜理性的態度。